Live CD-s estão usando memória RAM para o sistema. Após a reinicialização, seu sistema deve inicializar bem, a menos que você modifique / remova os arquivos de inicialização do Windows em sua partição enquanto estiver no linux. Nesse caso, você precisaria de um disco de recuperação. Além disso, você já tentou inicializar do seu disco rígido explicitamente? Talvez a ordem de inicialização padrão seja alterada.