Não há garantias de que isso não cause problemas. Os +5 do Wii e do PC provavelmente não estão exatamente na mesma voltagem. Mas seu cabo Y conectará seus aterramentos juntos, portanto, qualquer diferença de tensão entre os + 5 resultará no fluxo de corrente entre os dois.
Isso não causará necessariamente um problema, mas ninguém garante que isso não acontecerá.
O Wii pode tolerar um hub USB? Tente usar um hub USB energizado e conecte os dois plugues do cabo Y em duas portas no hub.