O problema que você está vendo é porque um disco dinâmico continua crescendo mesmo se você apagar alguns arquivos, por exemplo, se você apagar um arquivo de 2Gb da máquina virtual, esse espaço não está sendo reduzido do disco, você precisa apagar como você menciona o espaço zerado e depois compacta a máquina virtual. Se você está usando a caixa virtual, aqui está como você pode fazer isso: