Bem, um sistema Linux é bem modular.
Você tem o Kernel, o Coreutilities (ls, cd, cat, ...), um gerenciador de janelas, UserProgramms (Firefox, Texteditor), audioservices (Pulseaudio), um gerenciador de pacotes e muito mais. Mas para combiná-los em sua própria distribuição, você precisa saber muito sobre cada um desses componentes.
É mais fácil modificar uma distro existente. A abordagem mais simples seria pegar uma imagem de distro de sua escolha, descompactá-la e alterar os arquivos (novo plano de fundo, outros sons ou até mesmo outros binários) e então empacotá-la novamente.
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