Existem muitas ferramentas diferentes disponíveis para isso. O que você está procurando é um sistema de controle de versão.
Os exemplos incluem SVN e (mais populares atualmente) GIT que provavelmente funcionaria.
Pessoalmente, eu usaria o GIT. Existem algumas GUIs disponíveis para isso. O atual Visual Studio tem integração e Atlassian SourceTree fornece uma interface fácil de usar. Essa solução adicionaria um diretório .git
oculto ao diretório do seu projeto e você teria que verificá-lo manualmente.
Uma abordagem alternativa seria usar o Windows