Use apenas um filtro (apenas uma instância de -filter_complex
):
ffmpeg -i file1.mp4 -i "/var/www/logo/logo.png" -i "/var/www/html/am.png" -filter_complex \
"[0:v]scale=640:360[bg0]; \
[bg0][1:v]overlay=15:15[bg1]; \
[bg1][2:v]overlay=W-w-15:15" \
-c:v libx264 output.flv