Se você estiver aprovisionando o acesso com base em grupos do AD, é possível alterar rapidamente o GID principal de todos os usuários em um grupo com algo como abaixo:
getent group AD-group-name | awk -F':' '{print $4}' | sed 's/\,/\n/g' \
| xargs -i sss_override user-add {} -g $(getent group AD-group-name) \
| awk -F':' '{print $3}')
em que AD-group-name é o nome do grupo AD / LDAP. Isso deve funcionar antes que um usuário tenha efetuado login se você estiver usando o SSSD com o AD. Como você disse, há algumas ressalvas com sss_override, e isso precisaria ser executado novamente se você estiver provisionando mais usuários. É um pouco hacky, mas você pode executar isso todas as noites como um trabalho do cron ou algo semelhante.
Você também pode executar isso em vários sistemas usando algo como ansible. Está na minha lista para criar um playbook ansible que faz algo assim quando provisionamos um novo usuário.