Boa pergunta, o problema é que você tem um ServerName diferente em cada um dos seus sites. O Apache irá procurar por isso na linha do URL, então para o Mercurial você teria que ir para
link ....
E para a redmine você precisa ir para
link ...
Como você quer que os dois vivam no mesmo nome de host, provavelmente é necessário apenas uma tag VirtualHost para definir o DocumentRoot e o ServerName desejado e, em seguida, os aliases e os que você deseja nesse host. Isso tudo será mais simples se ele viver como uma configuração de "site".