Eu acho que você está igualando duas coisas muito diferentes:
1) A capacidade de ler e gravar arquivos no disco rígido local em um local controlado e específico e usar software que não venha de uma página da Web.
2) A capacidade de ler e gravar em arquivos arbitrários em qualquer lugar no disco rígido local, conforme indicado por uma página da web que alguém navega.
O que você está vendo é 1. O que você deve se preocupar é 2.
Todo navegador precisa ler e gravar em arquivos locais. Cada navegador recebe instruções de páginas da web. Cada navegador tem uma lógica que as páginas da Web não podem modificar e que controla o que a página da Web é e não tem permissão para fazer.