TL; DR: Você não pode.
O Eclipse usa swt que usa suas bibliotecas de renderização de fonte nativas e praticamente todo o resto usa Swing, o que não funciona.
No Natty, e talvez desde que o Ubuntu esteja usando o tema do ambiente por padrão, parece que os aplicativos java tem um problema com fontes.
Esta tela é facilmente reproduzível iniciando este aplicativo de web start e selecionando a aparência e o comportamento do GTK .
A única exceção é o Eclipse, que mostra menus e fontes perfeitamente padronizados. Todos os outros aplicativos java usando ambiente através do estilo GTK mostram essa renderização feia.
Existe alguma maneira de corrigir isso?
TL; DR: Você não pode.
O Eclipse usa swt que usa suas bibliotecas de renderização de fonte nativas e praticamente todo o resto usa Swing, o que não funciona.
A única solução que encontrei foi a alteração de "fonte de aplicativo" do Ubuntu / 11 para o Sans / 10. BTW: Para mim, sans parece melhor que o padrão do Ubuntu.