Na verdade, isso não é controlado pelo Thunderbird, mas pelo Gmail. Por padrão, quando o Gmail é acessado com POP, ele não exclui mensagens, arquiva-as ... Abra o Gmail em um navegador e vá para Configurações, depois selecione a guia "Encaminhamento e POP / IMAP", na seção Download de POP , item # 2 "Quando as mensagens são acessadas com POP", mude o menu suspenso de arquivar cópia do Gmail para excluir a cópia do Gmail e isso deve ser suficiente.