Você pode fazer isso com a função localizar e substituir no Notepad ++. Você precisa definir a função Substituir para usar Expressões regulares e marcar a caixa que corresponde .
a uma nova linha e usá-la como seu critério "Localizar o quê":
^\D*$.
Não sou especialista em regex, mas basicamente isso usa ^
para começar no início de uma linha, \D
corresponde a caracteres não dígitos, *
corresponde várias vezes, $
continua até o final da linha e .
corresponde aos caracteres de nova linha (caso contrário, remove o texto, mas deixa a linha vazia por trás).