Supondo que você esteja usando o ambiente GNOME, você pode obter o nome do tema do ícone com gconftool-2
(versões do Ubuntu < 11.04) ou gsettings
(Ubuntu > = 11.04). Dependendo do seu caso de uso, isso já pode ser suficiente:
gconf:
ICON_THEME=$(gconftool-2 -g /desktop/gnome/interface/icon_theme)
MYICONPATH=/usr/share/icons/$ICON_THEME
gsettings:
ICON_THEME=$(gsettings get org.gnome.desktop.interface icon-theme)
MYICONPATH=/usr/share/icons/${ICON_THEME:1:-1}