É muito provável que seja um problema com o cabeamento USB frontal. Em muitos casos, as portas USB frontais (mesmo que sejam USB3) não usam cabo que é adequado para transmitir a essa velocidade sem problemas graves de propagação de formas de onda.
Não é provável que haja um problema com a sua placa-mãe, mas sim o controlador USB 3 negociando automaticamente com o dispositivo front-end a uma velocidade menor diante de interferências extremas.
Além de tudo isso, a interferência pode vir de outras formas. Contatos sujos, por exemplo. Esse é outro culpado comum, causando alta resistência nas conexões elétricas e liberando a reatância bem balanceada necessária para que os filtros funcionem corretamente no circuito de dados (causando interferência e, especificamente, mudança de fase em altas velocidades).
Verifique se está tudo limpo. Certifique-se de que os cabos estejam conectados completamente na placa-mãe e guie o cabo para longe de componentes eletricamente barulhentos dentro do gabinete (já que a probabilidade de o cabo USB frontal estar bem protegido é muito baixa).
O uso de um cabo de extensão USB só tornará esse possível problema pior.