Esse problema é causado pela extensão gnome "Posicionamento de janela nativo". Eu acho que isso é um bug.
Você pode desativá-lo com as seguintes etapas:
- ferramenta de abertura do Tweak
- vá para a seção Extensões
- desativar o posicionamento da janela nativa
Talvez você possa enviar um relatório de bug para corrigir isso.
ATUALIZAÇÃO: Parece que isso já foi corrigido, talvez ainda não seja distribuído em 16.04: link
Quick Hack : você pode corrigir o problema seguindo as etapas abaixo
sudo gedit /usr/share/gnome-shell/extensions/native-window-placement@gnome-shell-extensions.gcampax.github.com/extension.js
E inserindo na linha 413:
this._parentActor.set_child_above_sibling(title, border);
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