Veja schtasks.exe /?
Por exemplo, para criar uma tarefa que inicie notepad cinco minutos após o logon, você pode fazer isso (apenas como administrador, infelizmente):
schtasks /create /tn "\Automatic Notepad" /sc onlogon /delay 0005:00 /ru YOU /it /tr notepad.exe
Substitua "VOCÊ", é claro. Há um problema: isso iniciará o programa quando qualquer qualquer usuário fizer logon, contanto que você também esteja conectado. schtasks parece não ter uma opção para definir o usuário de destino de um acionador de logon.
No entanto, se você precisar criar tarefas que são executadas periodicamente ou que devem ser executadas mesmo quando um usuário não estiver conectado, isso pode não afetá-lo. Você também pode (embora esteja ficando um pouco além dos recursos dos arquivos em lote) criar a definição da tarefa em XML e criar a tarefa a partir dela ( schtasks /create /xml ) ou criar a tarefa usando os argumentos "normais" e exportá-la ( schtasks /query /tn ... /xml one ), insira a linha desejada e reimporte a tarefa.