(Para que tal software funcione, ele precisa saber detalhes sobre qualquer tipo de sistema de arquivos que você esteja usando.) A maioria das pessoas considera a manobra bastante arriscada, então recomenda-se que as pessoas tenham uma cópia de segurança convenientemente disponível antes fazendo isso (até mais do que a recomendação geral de sempre ter dados em backup).
Faça backup de todos os dados importantes de ambas as partições que serão mesclados antes de iniciar a mesclagem. Se algo der errado, isso pode afetar a partição ou até os dois. Essa cautela foi strongmente enfatizada quando alguns dos primeiros softwares modificadores de partição (FIPS) foram lançados (talvez em meados da década de 1990). A confiabilidade aumentou tremendamente desde então, mas, pela última vez que verifiquei, muitos especialistas ainda estavam desconfortáveis com relação a esses processos, caso os backups não estivessem prontamente disponíveis. Assim, o conceito de "confiabilidade" exige que você possa restaurar os dados de alguma forma. Para esse tipo de processo, as pessoas geralmente fazem outro backup por conveniência (se tiverem recursos, como um dispositivo disponível com espaço livre).