NÃO REPETIR NÃO FAÇA ISSO !!
Fonte: fiz exatamente a mesma coisa um ano atrás e isso torna o sistema totalmente inutilizável. No meu caso, o processo foi concluído sem nenhum erro, mas quando você inicializa, o Windows não cria um mecanismo para descompactar corretamente os dados e a inicialização falha. Você pode compactar outras pastas, mas deixar de fora os arquivos do Windows e do Programa.
Além disso, a compactação pode significar um desempenho mais lento dependendo do seu poder de processamento, já que tudo tem que ser descompactado a cada vez (embora possa ser ligeiramente mais rápido se as velocidades de E / S forem o gargalo).