Eu sugeriria que isso é mais provável que seja um problema de HW.
Se você tem unidades diferentes com falha, não pode ser a (s) unidade (s), então deve ser a interface para a unidade que está causando o problema.
Portanto, experimente cabos USB diferentes, tente portas USB diferentes (lembre-se de que algumas portas USB externas podem se conectar à mesma porta no seu MB). Se possível, tente uma interface diferente, como eSATA em vez de USB (depende do que a sua unidade externa suporta, é claro). Eu também tive alguns cabos USB (baratos) que não estão totalmente conectados, o que me causou problemas).
Talvez até tente remover o HDD do PC, conectá-lo a outro PC e copiá-lo dessa maneira. (Se você puder).
No passado, eu tinha uma falha constante de HDDs (internos) diferentes em um Home Server, o que era causado por uma placa-mãe defeituosa. Embora eu não tenha descoberto o que estava errado no MB, o fabricante do meu servidor o substituiu. Embora demorou séculos para encontrar o problema!