Corrigi o problema, não há problema agora, você precisa desativar a opção auto-mute no alsamixer.
como você disse em uma edição no seu post
Eu tenho tido esse problema onde o volume sobe e desce muito rápido e faz o áudio dos vídeos parecer que eles estão pulando. Alguém sabe como consertar isso?
EDIT: Nas Preferências de Som, na guia de saída, o Conector: está mudando de Saída Analógica para Fones de Ouvido Analógico, é isso que provavelmente está mudando o volume.
Corrigi o problema, não há problema agora, você precisa desativar a opção auto-mute no alsamixer.
como você disse em uma edição no seu post