Eu gostaria de desencorajá-lo a usar o FTP, pois é um protocolo de texto claro sem qualquer segurança.
Em vez disso, sugiro que você use ssh. Em seguida, você obtém acesso seguro a shell remoto e transferência de arquivos, tudo em um único serviço. apt-get install openssh-server
e você está pronto para ir. Então você pode se conectar à sua máquina através de, por exemplo, Places - > Conecte-se ao servidor em uma área de trabalho do Gnome, sftp
em um shell ou usando WinSCP no Windows.
Para acessar sua máquina, mesmo com um ip dinâmico, você pode usar um serviço de DNS dinâmico gratuito, como DynDNS ou FreeDNS , que lhe dará um nome de host como mybox.uni.cx.
O NAT também não é problema, contanto que você encaminhe a porta correta para a sua máquina. (tcp 22 no caso de ssh)