Os filtros precisam ser separados por vírgulas.
ffmpeg -i seav.mp4 -vf stereo3d=abl:sbsl,scale=2560x720 -c:a copy seah.mp4
Você também não pode ter espaço em branco entre os filtros, a menos que eles estejam entre aspas: -vf "stereo3d=abl:sbsl, scale=2560x720"