Não tenho certeza se este é o problema com o seu, mas eu tive um problema semelhante ao tentar instalar o VirtualBox em Kali e muitos outros também fizeram!
Eu acho que o problema está nos cabeçalhos que você precisa para baixar o virtualbox certo para seus cabeçalhos tentar isso funcionou para mim! verifique a versão do cabeçalho do linux:
uname -r
apt-get autoremove virtualbox
apt-get update && upgrade
apt-get dist-upgrade
Em seguida, reinicie
sudo su
apt-get install linux-headers-$(uname -r) //it will probably not install
Qualquer coisa, desde o kernel, deve ser atualizada quando executar dist-upgrade
.
Em seguida, execute:
apt-get install virtualbox