Eu tenho o Asus N56V também, coisa interessante, embora felizmente não (ainda) tenha tido tais problemas.
Os problemas com as teclas são consistentes nas mesmas chaves ou aleatórios em geral. Se as letras que você sente falta forem aleatórias, eu começaria a procurar ter certeza de que não é um problema do motorista da HID. Verifique o log do sistema de eventos do Windows (tecla do Windows + X, visualizador de eventos, logs do Windows, sistema), procure um dispositivo HID sendo conectado e desconectado.
Outra possibilidade são problemas de desempenho, anos atrás em um laptop da asus diferente, eu tive um problema muito parecido, embora o problema fosse mais focado em soluços aleatórios e gagueira, mesmo em programas ou jogos que parassem por meio segundo, Acontece que havia um powermanager do 'bloatware' da Asus constantemente escrevendo um arquivo de log para uma pasta que, à medida que o arquivo de log crescia com o tempo, piorava os problemas de desempenho. Observando minuciosamente meus registros de desempenho & gráficos consegui rastreá-lo e removê-lo. Talvez valha a pena verificar seu gerenciador de tarefas em busca de programas ou serviços com picos excessivos.
Você também pode tentar desinstalar temporariamente qualquer software relacionado à asus relacionado a suas teclas de atalho e ver se isso resolve o problema.
Como uma opção um pouco mais "extrema", você pode tentar iniciar uma instalação ao vivo do ubuntu e ver se as letras ausentes e os problemas de entrada ocorrem também. (pode facilmente instalar em USB usando unetbootin, link )