No bash:
shopt -s globstar;
for file in ./**/Attic/*; do
if [[ -e ${file%/*/*}/${file##*/} ]]; then
rm -vf "$file";
fi;
done;
Com globstar ativado, ** corresponde aos arquivos recursivamente (independentemente da profundidade). ${var#text} e ${var%text} permitem remover o prefixo ou sufixo de uma variável, portanto ${file%/*/*} resulta no nome do diretório (menos "/ Attic /…"), enquanto ${file##*/} é o nome do arquivo base.
Você também deve considerar ferramentas como cvs-fast-export e reposurgeon ; Eu esperaria que eles lidassem corretamente com tais situações desde o começo. Se não, então, pelo menos, certifique-se de ter a versão mais recente de cvs2git ...