Da experimentação, isso funciona para mim:
Quando você copiar do OneNote, use Ctrl + C . Então, quando você colar no Evernote, use o Ctrl + Alt + V (não use Ctrl + V ). Você será mostrado opções da área de transferência.
Em seguida, simplesmente pressione Enter .
Atualização: Quando postei isso originalmente, não percebi que poderia fazer isso por causa de um programa freeware que baixei chamado PhraseExpress.