Primeiro de tudo, você perdeu uma palavra, você deve usar
sudo apt-get --purge remove samba
ou simplesmente
sudo apt-get purge samba
A propósito, o arquivo de configuração é criado e removido nos scripts Pós-instalação / remoção do pacote samba-common , um pacote que é instalado por padrão porque também é necessário para o cliente samba.
Portanto, o arquivo smb.conf só será removido automaticamente se você remover esse pacote, mas não é aconselhável fazê-lo sem interromper a instalação padrão.