Apenas um problema se você tiver um cartão que simplesmente se encaixe no slot do pcie, mas com fios na placa-mãe (eles costumavam vir com algumas placas-mãe para adicionar portas físicas).
Qualquer cartão normal, por exemplo, link , terá seu próprio controlador e driver. Apenas certifique-se de que seu sistema operacional é suportado.