O Windows não oculta arquivos e pastas com nomes que contenham um ponto principal. Não me lembro por que a decisão foi tomada para tornar o diretório de tempo de execução do usuário vimfiles
no Windows, mas foi.
Sem saber por que você quer mudar essa dependência (estou supondo que você quer dizer mudar e não remover), só posso dizer que você terá que modificar a opção 'runtimepath'. Basta adicionar seus próprios diretórios preferidos:
:set runtimepath^=~/.vim runtimepath+=~/.vim/after
Ou faça o acima, e remova o diretório padrão de tempo de execução do usuário:
:set runtimepath-=~/vimfiles runtimepath-=~/vimfiles/after
Veja:
:help 'runtimepath'