Redirecione o stdout para /dev/null anexando > /dev/null a qualquer comando:
apt-get update > /dev/null
Para também redirecionar stderr para /dev/null append 2>&1 :
apt-get update > /dev/null 2>&1
Para atualizar ou instalar pacotes sem ser solicitado por [Y/n] add -y :
apt-get upgrade -y > /dev/null 2>&1
apt-get install <package> -y > /dev/null 2>&1
Você também pode enviá-lo para um arquivo de log:
apt-get upgrade -y > script.log 2>&1
Um único > sobrescreverá o arquivo, para registrar vários comandos, use dois >> , o que fará com que a saída seja anexada ao final do arquivo:
apt-get update >> script.log 2>&1
apt-get upgrade -y >> script.log 2>&1