Você provavelmente só precisa (como root): chown -R user.usergroup /home/user .
Tenha cuidado, pois você perderá a propriedade correta, se alguns arquivos forem de propriedade intencional de outro usuário.
Acabei de transferir arquivos de um sistema Linux para outro e meu programa continua reclamando que não pode obter acesso a esses arquivos - Acesso negado. No entanto, se eu criar esses arquivos no sistema linux em que estou testando meu programa, meu programa não reclama. Então, como você dá acesso total ou privilégios ROOT a todos os arquivos e pastas da pasta HOME para um usuário?