Tanto o PCIe quanto o SATA são bem rápidos. SATA é de 6 GB / segundo para a velocidade do barramento. Ao executar comparações, o tempo de inicialização entre os dois é de pescoço e pescoço. Eu não vou entrar em detalhes já que é uma discussão muito longa e demorada, mas eu irei apontar você para este site. Eu diria que depende das suas necessidades. Ambos são muito próximos em termos de tempo de inicialização.
Aqui está um artigo que tem uma discussão bastante descritiva sobre o assunto, que seria quase impossível para mim encolher e passar o verão.