Note que emacs -Q irá iniciar o emacs sem nenhum arquivo init. Portanto, a diferença entre emacs e emacs -Q pode ser devido a um arquivo init de todo o sistema. Para testar apenas um arquivo init pessoal, use emacs -q (que é um q minúsculo em vez de um Q maiúsculo).
E uma das respostas sobre essa outra pergunta informa sobre como localizar seu arquivo init: digite C-h v user-init-file RET e ele informará sobre a variável que contém essa informação, incluindo seu valor atual.