Eu acho que não é muito claro a partir da documentação. As etapas são:
edit /etc/fstab
close all cygwin processes
restart cygwin
Com isso
$ cat /etc/fstab
..
none /tmp usertemp binary,posix=0 0 0
$ mount
...
C:/Temp on /tmp type ntfs (binary,posix=0,usertemp)
...