Supondo que o disco rígido anterior não tenha: - caiu - fora de uso por um longo tempo - fisicamente montado em um plano diferente (horizontal vs vertical) E que é possível ler e gravar arquivos, ENTÃO, o clique é provavelmente o som do 'estacionamento' das cabeças da unidade devido ao baixo uso (como você disse). As configurações do BIOS para o HDD podem ter opções para alterar o tempo de desaceleração do motor do inversor, ou seja, o atraso antes das cabeças de estacionamento.
O Squeak pode ser um sinal para se preocupar com a idade do HDD (normalmente são usados mancais de fluido e o fluido pode secar e causar um rangido). Mas antes de condenar o HDD, você pode querer experimentá-lo em sua orientação horizontal ou vertical anterior, com suas conexões de energia originais.
De longe, a opção mais segura é substituir o disco rígido, em vez de sofrer uma perda de dados, mas se você fizer backups regulares (e, claro, você faz), isso é menos uma preocupação.