Crie ou edite /etc/apt/apt.conf
definindo sua configuração de proxy _
Acquire::http::Proxy "http://username:password@proxy_name_or_ip:port/";
Acquire::https::Proxy "https://username:password@proxy_name_or_ip:port/";
Acquire::ftp::Proxy "ftp://username:password@proxy_name_or_ip:port/";
Você pode ignorar o nome de usuário e a senha se não fizer uso deles e ignorar https ou ftp da mesma maneira.
Isso é baseado em um comentário em um ticket reportando esse problema.