Para fazer uma instalação limpa, você usaria o Utilitário de Disco para limpar o sistema antigo e, em seguida, o Instalador para instalar o novo sistema operacional. O que é apagado depende do que você diz ao Utilitário de Disco para apagar. Se você selecionar o disco inteiro antes de clicar em Apagar, ele limpará todo o disco (todas as partições); mas se você selecionar apenas o volume MACOSX, é tudo o que é apagado.
Dito isso, as coisas às vezes dão errado. Se você tem dados que você não quer perder, você deve ter um backup em algum lugar seguro. Não apenas durante as reinstalações, mas sempre. De preferência vários lugares, pois os backups também não funcionam da maneira que você espera. E o teste para garantir que você possa restaurar a partir de seus backups é uma maneira muito boa de verificar se eles realmente funcionam.