Esta pergunta link tem uma resposta que faz referência ao WSUS Offline Updater , que se parece com uma ferramenta que permite fazer o pré-download de todas as atualizações e aplicá-las automaticamente, reinicializando o sistema conforme necessário.
Outra possibilidade é usar o Agendador de Tarefas para emitir um desligamento / re duas horas depois de sair, para que, se uma reinicialização for necessária, isso seja feito para você. Isso não protege você de atualizações que precisam de várias reinicializações, mas são bem raras.