O modo AHCI vs. RAID é para o controlador HDD inteiro, não para as unidades individuais. Para ter uma unidade AHCI e ainda manter o RAID, você precisaria de um controlador de HDD separado para a outra unidade.
Na forma como os controladores lidam com eles, o AHCI é simplesmente / basicamente um RAID de uma unidade, então deixe-o como RAID e simplesmente não junte o disco único a um array.
Se por algum motivo exigido pelo controlador você só pode acessar as unidades no sistema operacional se eles estiverem em uma matriz, coloque-o em uma matriz RAID0 por si só (ou use JBOD, se oferecido; métodos exatos dependem do RAID específico controlador).