Use o modo de hibernação, se puder. O Hibernate deve permitir que você desligue seu laptop e retome exatamente onde você parou. O sono também é uma boa opção.
Caso contrário, a atualização será reiniciada na próxima verificação de atualização, mas parte (ou todas) do download poderá ser perdida. Eu não me preocuparia em parar isso ou outros problemas.