Em vez de alterar a diretiva no bloco padrão, você deve usar um bloco separado especificamente para o diretório do projeto:
<Directory /var/www/html/project1>
Options Indexes FollowSymLinks
AllowOverride All
Order allow,deny
allow from all
Require all granted
</Directory>
Isso só permitirá que arquivos .htaccess sejam usados neste diretório específico.
O erro 500 que você está obtendo provavelmente se deve a alguma sintaxe ruim em um arquivo .htaccess. Seria útil se você nos mostrasse o que você tem em todos os arquivos .htaccess.
Como alternativa, você pode procurar nos logs de erros do Apache em /var/log/apache2/error.log para obter informações mais específicas sobre o erro.