Talvez você possa tentar seguir as etapas deste artigo: Como reparar arquivos zip danificados com o terminal e veja se isso ajuda você.
Essencialmente, o que o artigo diz é que você pode tentar com este comando:
zip -F myBrokenArchive.zip --out hopefullyRepairedArchive.zip
e se isso não funcionar, faça o zip tentar ainda mais com
zip -FF myBrokenArchive.zip --out hopefullyRepairedArchive.zip