É um julgamento, dependendo de fatores como o que aconteceu com a infecção, por quanto tempo você teve, que tipo de sintomas você experimentou, etc ... mas geralmente você deve ter um strong viés contra sempre confiando em um sistema operacional instalado depois de ser infectado. Seu curso mais seguro é geralmente fazer backup de seus dados e reinstalar seu sistema a partir do zero.
Nesse caso, você sabe o que fez e agiu imediatamente. Um pouco de pesquisa sobre os tipos específicos de malware e você pode ser bem, desde que não haja algum rootkit pendurado nas teclas de registro em segundo plano ou similares.
Dito isso, eu ainda adicionaria pelo menos mais uma precaução antes de continuar usando este sistema, especialmente para qualquer coisa que envolva dinheiro real, como compras on-line ou serviços bancários, ou que possa ser usada para estabelecer sua identidade, como e-mail ou até redes sociais. Use um disco de inicialização ou mova temporariamente o disco rígido para uma máquina diferente, de modo que possa digitalizar o disco a partir de um sistema operacional de limpeza conhecida. Você não quer confiar nos resultados de verificação informados a você por um sistema operacional infectado.