Eles estão de fato instalados no pendrive. O arquivo casper-rw reside no sistema de arquivos do pen drive. Pelo que vi, geralmente é um sistema de arquivos MS FAT de algum tipo. O arquivo casper-rw, por si só, é um bloco de espaço em disco, formatado como um sistema de arquivos Linux EXT - portanto, é um sistema de arquivos dentro de um sistema de arquivos. Para ver o interior quando você não está executando o Ubuntu a partir do pen drive, é necessário configurar um dispositivo de loopback e montá-lo.
casper-rw file -> loopback device -> mounted file system of changed and new files
O casper-rw é montado de forma que, quando você lê um arquivo, se ele estiver em casper-rw, você o lê, se não o leu a partir dos arquivos somente leitura no pen drive. Se você gravar na unidade de inicialização enquanto ela é inicializada, o arquivo será gravado no sistema de arquivos casper-rw. Portanto, o sistema de arquivos casper-rw contém apenas arquivos novos ou alterados.
A menos que você configure o dispositivo de loopback e o monte, não poderá ver os arquivos que você alterou.