De acordo com uma entrada no "fórum de suporte" do FFmpeg Auto Installer, o script deve ser executado novamente baixe a última fonte e atualize sua instalação para você.
Já que o fórum é bem chique (pise com cuidado, viajante), eu puxei o instalador para baixo e dei uma olhada precursora em suas entranhas. Parece que o script específico do FFmpeg está configurado para extrair o código git mais recente ( git clone git://source.ffmpeg.org/ffmpeg.git ffmpeg ), e sobrescreverá qualquer versão compilada / instalada anteriormente com uma versão nova, então parece que a afirmação está correta.
OBSERVAÇÃO / ADVERTÊNCIA GERAL: Este Instalador Automático não é mais do que uma grande coleção de scripts bash que serão executados somente sob credenciais raiz. Embora pareça que muitos dos scripts parecem estar configurados para baixar e instalar software de fontes legítimas (repositórios oficiais e chamadas para o yum ou apt-get para itens de distro repos), eu não passei por tudo isso e, portanto, não garante que não haja algo sinistro escondido em suas ervas daninhas. Os usuários que estão conscientes da segurança estariam em melhores condições para fazer o download de fontes oficiais confiáveis e compilar manualmente.