Quem quer redefinir a unidade em todas as inicializações do computador?
Eu tive problema semelhante. Não depois de atualizar o Ubuntu, mas quando eu estava bagunçando o Compiz. Então, eu diria que o Pranav tem algo como o Cube ativado ou algo similar e isso está bagunçando sua Unidade.
Então, primeiro eu redefiniria todos os Compiz para os valores padrão, e segundo, certifique-se de que o plugin Unity está marcado no Compiz.