A identificação do dispositivo USB e PCI é realmente muito semelhante. No caso do PCI (PCIe é o mesmo) a informação está no cabeçalho de configuração PCI. Eles aparecem no espaço de endereço físico em locais previsíveis e, portanto, inumeráveis.
O formato do cabeçalho de configuração é muito público. Existe um código do fornecedor, um ID do produto, um ID do subsistema e um número de revisão. Há também um código de "classe". As placas gráficas são da classe 030000. USB e PCI até usam o mesmo conjunto de códigos de fornecedores - por exemplo, o fornecedor 0x8086 é a Intel.
Isto é o que o firmware procura. Você não será capaz de enganá-lo conectando alguns pinos juntos. Você precisará do esqueleto de um dispositivo de destino PCIe padrão que responda às consultas com um cabeçalho de configuração preenchido.
Pior: não creio que criar um dispositivo PCIe "simples" que se encontre na ID do dispositivo e no código de classe seja suficiente. Seu firmware vai querer conversar com essa placa gráfica com a interface padrão de registro VGA, e isso não vai funcionar.