Como não conheço as opções para mesclar janelas como você diz (além de uma VM), recomendarei a alteração de sua ferramenta, que pode capturar várias fontes
A ferramenta que conheço é a OBS. Embora seja principalmente voltado para capturar a saída do jogo e transmitir isso para os serviços de vídeo ao vivo, seria mais do que suficiente capturar duas janelas de uma só vez (ou mais, se isso for necessário para você no futuro).
A essência básica é, após a instalação:
1) adicione uma cena (clique com o botão direito na caixa 'cenas' - > adicione a cena); chame-o de dizer 'Ações e Preços' para conter as fontes que você usará
2) com a cena selecionada, adicione duas fontes de "captura de janela" (clique com o botão direito na caixa 'sources' - > add - > 'window capture'); um para o gráfico de ações, um para a escada de preços
3) configure sua saída para salvar local somente conforme o guia de gravação local
4) pressione 'Iniciar Gravação'. Note que se você tiver uma gravação anterior, o OBS incrementará automaticamente o número da gravação
5) (opcional) adicione outras fontes de decoração que você queira - uma imagem de fundo, etc
Como um bônus, isso funcionará de forma semelhante ao "modo de fundo" da captura de vídeo de replay como você coloca - o conteúdo do Windows ainda será gravado no vídeo. Você pode configurar a saída como desejar, mas se seguir o guia de gravação local, ela deverá ser relativamente pequena, pois já está codificada em h264.
Isso deve atender aos seus requisitos de:
- gravando 2 janelas
- gravando janelas que estão no plano de fundo
Há também o início rápido e viserview guias disponíveis também, mas isso deve ajudar você a começar!