Dê uma olhada neste site, pode ser algo que você pode fazer para recuperar seu e-mail: link
Além disso, dê uma olhada aqui: link
Isso fala sobre o compartilhamento de sua conta do Thunderbird em vários sistemas operacionais (por meio do Dual Boot). Você pode apenas copiar o (s) seu (s) perfil (s) para o Ubuntu e partir daí. Caso contrário, como você diz que tem acesso de leitura à unidade do Windows, pode simplesmente deixá-los onde estão e continuar como estava.
HTH