Documentos grandes e complexos sempre foram problemáticos no Word. Uma coisa que piora a situação é quando você inclui texto de outros documentos do Word que vêm de diferentes autores / templates / etc. Isso se deve à maneira como o Word manipula determinadas estruturas internas, como listas com marcadores e numeradas. Eu tive documentos grandes tão pouco confiáveis que recorri a criar uma macro VBA que tirou uma cópia da última versão salva do documento antes de sobrescrever com o novo salvamento.
Se o documento contiver uma composição de outros locais, possivelmente a única maneira de corrigi-lo seria iniciar um novo documento e copiar / colar como texto com atenção do original e aplicar formatação consistente baseada em estilo à medida que você acompanhar. Claro, isso pode ser uma tarefa muito importante, mas é altamente provável que isso corrija o problema.
Além da sugestão de Karan de fazer um novo Save-As, você também pode abrir o documento no Open Office, salvar em ODT, reabrir no Word e Salvar como docx. Esteja avisado, porém, que isso pode ter outros efeitos colaterais como formatação confusa. Observe o tamanho do arquivo, se ele mudar de repente por um grande%, é provável que algo deu errado. Mantenha muitas versões!